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【回答】

１．結論

Aさんは、当初申告においてX宅地を本特例の適用対象として適法に選択していることから、修正申告において適用対象宅地をY宅地に変更することは認められません。

２．解説

(1)本特例の概要

本特例は、個人が相続又は遺贈により取得した宅地等（土地または土地の上に存する権利）のうち、被相続人または被相続人と生計を一にしていた被相続人の親族の事業の用または居住の用に供されていた一定の宅地等のうち、相続税の申告期限までその宅地等を保有し、事業や居住の用に供するなど一定の要件を満たすものがある場合、その個人が本特例の適用を受けるものとして選択した宅地等については、被相続人等に係る相続税の計算上、一定面積までの部分について、相続税の課税価格のうち一定額を減額することができる特例です。

本特例の適用を受けるためには、適用を受けようとする個人が相続税の申告書（修正申告書を含む）に、本特例の適用を受けようとする旨を記載するとともに、小規模宅地等に係る計算の明細書や遺産分割協議書の写しなど一定の書類を添付する必要があります（措法69条の4第7項）。

(2)修正申告等により、小規模宅地等の選択替えが認められる場合

上記(1)の下線部の通り、本特例は、修正申告書にこの特例の適用を受けようとする旨を記載し、一定の書類の添付がある場合にも適用されます。ただし、国税庁は質疑応答で「当初申告におけるその宅地に係る小規模宅地等の特例の適用について何らかの瑕疵がない場合には、その後、その適用対象宅地の選択換えをすることは許されないこととされています」との見解を示しています（国税庁質疑応答事例「遺留分減殺に伴う修正申告及び更正の請求における小規模宅地等の選択替えの可否（令和元年7月1日前に開始した相続）」）。

この国税庁の質疑応答では、上記の「瑕疵」について具体例を示していません。ただ、大阪国税局「資産課税関係　謝りやすい事例（相続税関係　令和6年版）25」では、修正申告における本特例の適用が認められる場合について「法令に定める要件を欠く誤った選択をしていたこととなった場合」と説明しており、これが「瑕疵」の具体例に当たるものと考えられます。

このため、当初申告後、修正申告により本特例の適用対象となる宅地等を変更できるのは、当初申告で本特例の適用対象とした宅地等が実は法令の定める要件を満たしておらず、誤った選択をしていたような場合に限られると思われます。

(3)本問へのあてはめ

X宅地は本特例の適用要件を満たしており、Aさんは当初申告において本特例を適法に適用している（＝「瑕疵」がない）ことから、修正申告の際に適用対象宅地をX宅地からY宅地に変更することは認められません。