【Q&A】住宅ローン特別控除適用者が居住用財産を譲渡し3,000万円控除の適用を受ける場合の取扱い

2020.06.01

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［解説ニュース］

住宅ローン特別控除適用者が居住用財産を譲渡し3,000万円控除の適用を受ける場合の取扱い

〈解説〉

税理士法人タクトコンサルティング（山崎信義／税理士）

■居住用財産の譲渡に係る3,000万円控除から住宅ローン特別控除への特例選択の変更の可否適用を受けることの可否

【問】

甲さんは、2017年12月にそれまで居住していた東京都港区内の分譲マンションから杉並区内に新築した戸建て住宅に引越し、居住を開始しました。甲さんは自宅の建築資金を銀行ローンにより調達したため、2017年分の所得税の計算上、租税特別措置法（措法）41条の住宅ローン特別控除の適用を受け、以後2019年分の所得税まで連続して同控除の適用を受けています。港区のマンションは、引越し後は賃貸していましたが、借家人が2019年12月に退去し空室となったため、2020年5月に譲渡しています。

甲さんは、譲渡したマンションにつき多額の譲渡益が生じ、かつ適用要件を満たしていることから、2020年分の所得税の計算上、居住用財産を譲渡した場合の譲渡所得の3,000万円控除（措法35条第1項。以下「3,000万円控除」）の適用を受けるつもりです。甲さんが3,000万円控除の適用を受けた場合、既に適用を受けている住宅ローン特別控除の取扱いはどのようになりますか。なお、甲さんは2017年から連続して確定申告書を提出しています。

【回答】

１．結論

甲さんが2020年分の所得税につき3,000万円控除の適用を受けた場合には、2017年以後の各年分の所得税につき住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。この場合には2017年から2019年までの各年分の所得税の修正申告書を提出し、特別控除額に相当する税額を納付する必要があります。

２．解説

(1)3,000万円控除の概要

個人が自己の居住用財産を譲渡した場合には、一定の要件を満たすことにより譲渡所得の金額の計算上、最高3,000万円を控除できる特例が設けられています。これが「3,000万円控除」です。

3,000万円控除の対象となる居住用財産には、①居住の用に供されなくなった日から同日以後3年を経過する日の属する年の12月31日までの間に譲渡した家屋と、②①の家屋とともに譲渡したその敷地の用に供されている土地等が含まれています（措法35条第2項2号）。

(2)住宅ローン特別控除の概要

①概要

個人が2021年12月31日までに、国内で住宅の用に供する家屋で床面積が50㎡以上などの要件を満たすものの新築等をし、その家屋をその個人の居住の用に供した場合において、その個人がその家屋の新築等に係る借入金（住宅借入金）の額を有するときは、一定の要件を満たすことにより、その居住の用に供した日の属する年以後10年間（原則）の各年のその個人の所得税の額から、住宅借入金の年末残高に基づく一定の金額が控除されます（措法41条）。

②居住用財産譲渡に係る特例の適用を受けた場合の住宅ローン特別控除の不適用

個人が新築等をした家屋（以下「新規住宅」）を居住の用に供した場合において、その居住の用に供した日の属する年（居住年）の翌年以後3年以内の各年中（注）に、新規住宅以外の資産を譲渡（以下「従前住宅の譲渡」）し、その従前住宅の譲渡につき3,000万円控除等の居住用財産の譲渡に係る特例の適用を受けるときは、その居住年以後の各年分につき、住宅ローン特別控除の適用を受けることができません（措法41条第21項）。

（注）2020年度税制改正により、2020年4月1日以後の従前住宅の譲渡につき、その譲渡の時期が下線部の通りに改められました。

③3,000万円控除の適用を受ける場合の修正申告

②の場合に、既に居住年以後の各年分について住宅ローン特別控除の適用を受けたときは、従前住宅の譲渡をした日の属する年分の確定申告期限までに、各年分の所得税の修正申告書又は期限後申告書を提出し、特別控除額に相当する税額を納付する必要があります（措法41条の3第1項）。

(3)本問へのあてはめ

甲さんによる港区のマンションの譲渡は、２(1)の居住用財産の譲渡に該当し、他の要件を満たすときには3,000万円控除の適用を受けることができます。ただし、新規住宅（杉並の自宅）への居住年（2017年）の翌年以後3年以内の年（2020年）に従前住宅（港区のマンション）の譲渡をしたことになるので、2020年分の所得税につき3,000万円控除の適用を受けた場合は、(2)②より、2017年以後の各年分の所得税につき、住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。

この場合には、(2)③より、2020年分の確定申告期限までに2017年から2019年までの各年分の所得税の修正申告書を提出し、特別控除額に相当する税額を納付する必要があります。

税理士法人タクトコンサルティング「TACTニュース」（2020/06/01）より転載